解锁口袋妖怪火红三岛的隐藏地点与传送门，需先获取三岛通行船券，完成岛屿主线剧情，再通过特定道具、技能与支线任务逐步开启隐藏区域，传送门则需依托岛屿间的渡轮航线与剧情推进来解锁使用。
抵达三岛的核心前提是获得三岛通行船券，在红莲岛击败夏伯获得深红徽章后，正辉会主动出现并邀请一同搭乘海烈焰马号前往一之岛，进入一之岛的宝可梦网络中心与研究员锦辉对话，即可获取这张关键船券，从此能自由往返一、二、三岛。抵达三岛港口后，会遭遇暴走族阻挡道路，需连续击败四组暴走族训练师，战胜首领的39级瓦斯弹与臭臭泥后，暴走族才会散去，三岛城镇与外围区域全面开放。城镇北侧的绊桥是首个可探索区域，沿途有七位训练师驻守，战胜后能拾取黄金喷雾器、珍珠等道具，过桥后进入树果森林，森林深处左上角是剧情关键位置，需击败37级引梦貘人救出小迷，完成后才能解锁森林全部区域。
三岛的隐藏地点多分布在树果森林与绊桥周边，需借助道具探测仪与特定技能寻找。树果森林内分布十六种树果，部分隐藏树果与道具需用道具探测仪扫描才能显现，森林西侧边缘有被茂密树木遮挡的隐藏小径，需携带会一字斩的宝可梦清除挡路树木，进入后能找到PP提升剂、补锌药剂等稀有道具。绊桥右侧的浅滩区域，需冲浪技能才能抵达，水下藏有隐藏道具，使用道具探测仪可定位珍珠、大珍珠等物品，部分区域还需碎岩技能破开岩石，才能进入内部洞穴，洞穴内可遇到稀有宝可梦，也能找到隐藏的贵重道具。三岛城镇中紫色屋顶房屋内的NPC，会提供隐藏区域线索，告知森林深处的隐藏入口位置，按提示探索可发现更多未开放的秘密角落。
三岛的传送机制依托岛屿间的渡轮航线，完成三岛主线后，返回二之岛将陨石交还给小迷的父亲，可获得月之石作为奖励，再回到一之岛宝可梦网络中心，与锦辉对话完成通讯系统修复任务，此后枯叶市码头与三岛港口的渡轮传送全面解锁。一之岛灯火山的洞穴、二之岛的游戏厅等区域，也会随剧情推进成为间接传送关联点，修复通讯系统后，不仅能自由传送往返关都地区与三岛，还能解锁后续四至七岛的探索权限。探索三岛隐藏区域时，建议携带具备一字斩、冲浪、碎岩技能的宝可梦，搭配道具探测仪，确保能发现所有隐藏路径与道具，同时提前准备充足恢复道具，应对隐藏区域内的强力野生宝可梦与训练师。
