完成一周目并成为冠军后，读取存档即可进入二周目剧情，初始位置位于真新镇家中。此时大木博士会主动上门访问，如果你的宝可梦图鉴已收录超过60种不同宝可梦，博士会协助将图鉴升级为全国图鉴模式，这是解锁隐藏区域的基础条件。之后游戏会引导你前往枯叶市码头，在那里乘坐船只前往一岛，这是开启七岛探索的第一步。
抵达一岛后需要前往岛屿北部的精灵中心，与其中的研究员对话，了解到修复通信机器需要红宝石和蓝宝石。这一步骤是激活后续岛屿航行权限的关键环节。
需要前往灯火山区域，在山上坡后进入左侧洞穴，击败看守的火箭队成员，深入洞穴最底层即可找到红宝石。将其带回精灵中心交给研究员，你会获得彩虹通行证，这项道具允许你在七个岛屿之间自由航行，开启全新的地图板块。
获得航行权限后，需要继续在四岛、五岛和六岛之间展开探索。在四岛的科拿住所右侧冰洞内，使用碎岩技能开辟道路后可以获取HM07攀瀑技能，这个技能对解锁瀑布后的隐藏区域至关重要。
五岛的火箭队仓库是重要隐藏地点，但需要特定密码才能进入。这个密码需要在六岛的隐藏洞穴中寻找蓝宝石时，从追踪的火箭队成员处获得。带着密码返回五岛仓库，击败守卫即可进入内部获取蓝宝石。
当红蓝宝石都收集齐全并交还给一岛研究员后，通信系统修复完成，此时可以前往七岛。七岛上开放了训练师塔这一高难度对战设施，同时岛上还存在特殊遗迹区域，通过推动岩石激活隐藏事件。
在完成宝石任务的同时，华蓝市的超梦洞穴也会解锁，洞穴深处栖息着强力宝可梦。岛屿各处还分布着需要通过冲浪、碎岩等秘传技能才能到达的秘境，这些区域往往藏有稀有道具和高等级野生宝可梦。
