制止舰船行驶的核心方法是利用游戏内的指令系统和策略值管理。玩家可以通过点击舰队详情界面中的撤退或返回按钮直接终止当前行动，但需注意该操作会消耗策略值且无法中途取消。对于已出发的舰队，若未进入战斗状态，可通过增援指令调整航线或目标；若已交火则必须等待战斗结束或手动撤退。封锁指令能强制舰队在特定区域停留，但需提前规划好封锁范围和时间。
游戏中的前哨站建筑也能间接控制舰船移动。建立前哨站后，其覆盖范围内的舰队可享受曲率加速效果，同时玩家可通过对接功能将工程船固定于资源点，从而减少不必要的舰队调动。需前哨站对接矿物后会永久占用该资源点，需权衡采集效率与计划圈消耗。若需紧急停止采矿作业，必须手动解除对接并重新部署工程船，此过程会中断资源收集但不会损失已采集物资。
通过对接空间站或基地的维修平台，受损舰队会自动进入维修状态并停止一切行动，直至修复完成。该机制适合在PVP冲突后快速修整舰队，但维修期间无法主动出击。部分高级舰船如阋神星级驱逐舰搭载的紧急躲避系统，也能通过技术值加点实现战斗中被动终止行进，触发后舰船会短暂脱离战场并重置行动路线。
当军事港口指挥值满载时，新造舰船将无法出厂，正在执行的建造任务会被迫暂停。玩家可通过拆除低效舰船或升级基地来扩容，但拆除操作不可逆且会损失部分资源。工程船的指挥值独立计算，过度采集会导致资源港口超载，新增的工程船将无法部署，需通过蓝图研究提升采集效率而非盲目扩编。
战术层面的控制依赖于舰队编组策略。将高速侦查舰与主力混编可实现快速增援调整，利用其曲率引擎特性能缩短终止行动的反应时间。对于航母等大型舰船，建议保留至少5点指挥值用于紧急增援，避免因指挥值不足导致关键舰队无法召回。部分特殊舰载机如蜂巢守卫者具备拦截功能，可主动迫使敌方舰队停止移动，但需要精确计算防空火力的覆盖范围。
