你并非土生土长的三国人士，而是一名在时空局实习的现代少年。一场突如其来的时空混乱将你卷入了烽火连天的三国时代，更糟糕的是，你与同行的伙伴失散了。为了找到方法重返现代，你不得不在这片完全陌生的乱世中开始闯荡，而一系列超出史书记载的神秘事件也接踵而至，你渐渐发现，自己已然被卷入一场足以改变历史走向的巨大漩涡之中。
游戏的故事紧密依托东汉末年至三国鼎立的历史脉络展开，并将你这位穿越者的冒险巧妙地编织其中。你的三国之旅始于动荡的源头——黄巾之乱，你会亲身参与到镇压黄巾军的任务中，亲眼目睹东汉政权如何在这场浩劫中根基动摇，社会秩序如何逐渐崩坏，这也为后续群雄并起、逐鹿中原的宏大篇章拉开了序幕。历史的车轮滚向决定北方霸权的关键战役——官渡之战。游戏中通过策略玩法重现了曹操与袁绍的巅峰对决，让你在调配兵力、运用战术的过程中，亲身体验这场以少胜多的经典战役是如何奠定曹操统一北方的基础，并深刻影响后续三国格局的形成。
剧情的高潮之一无疑是那场惊天动地的赤壁之战。游戏通过水战玩法和联军协作机制，生动还原了孙刘联军联手抗击强大曹军的史实。你将有机会指挥火攻、利用风向等关键战术元素，沉浸在东风不与周郎便的戏剧性历史瞬间。这场战役不仅是游戏中最精彩的章节之一，也彻底改变了魏、蜀、吴三方的实力对比，直接促成了三国鼎立局面的最终形成。你的旅程中还会邂逅众多传奇英雄，例如与刘关张三兄弟并肩作战，共同面对强敌。
除了主线历史战役，少年三国志还构建了独特的原创剧情线索。一个神秘男子的出现与那本能够吸收能量、使人魔化的三国志紧密相关，它的意外爆炸导致残卷四处飞散，而这背后似乎隐藏着巨大的阴谋。游戏也会引领你踏上诸如东渡解救龙女等充满神话色彩的冒险征程，将三国历史与奇幻想象相结合。在体验金戈铁马的同时，游戏也通过角色列传、支线任务以及融入的诗词歌赋，展现了关羽、赵云等英雄的忠勇形象与建安文学的时代风貌，让你在征战之余也能感受到那个时代独特的文化气息。
