神兽作为稀有且强大的存在，分布在地图各处特定位置。急冻鸟位于双子岛最深处，需将岩石推下洞挡住急流才能遇见；闪电鸟栖息于无人发电站最深层；火焰鸟则固定在火焰山山顶刷新。这三只神兽等级均为50级，属性分别为冰/飞行、电/飞行、火/飞行，建议携带克制属性的宝可梦应对。双子岛还隐藏着冰神柱，需在滑冰场滑行至被迫停下后观察对面区域。
超梦作为游戏中最强神兽之一，需在完成主线剧情后前往超梦山洞最深处挑战，等级高达70级。其超能力属性对格斗和毒系有绝对压制，推荐使用恶系宝可梦对抗。梦幻则隐藏在红莲岛建筑物内，需取得秘密钥匙才能进入对应楼层。古拉顿位于1号岛火焰山地下，需注意其地面属性对电系技能的免疫。
洛奇亚和凤王分别位于第八座彩虹岛的右下方和左上方，等级均为70级。洛奇亚为超能力/飞行属性，凤王为火/飞行属性，建议分别用岩石系和水系宝可梦应对。迪奥西斯需在第九座彩虹岛完成拼图后出现，等级30级但能力均衡。雷公、炎帝、水君则会在通关后随机出现在关东地区草丛中，具体遭遇种类与初始选择的御三家相关。
吉拉奇长期栖息于幽灵塔顶楼，需通过层层关卡并躲避暗器；岩神柱、钢神柱分别出现在1号岛上方草地和无人发电站；海皇牙需在双子岛垂钓获得。捕捉时建议携带黄金喷雾减少杂兵干扰，并优先削弱神兽血量至红区再使用高级球或大师球。属性克制和状态异常技能能显著提升成功率。
神兽的分布设计结合了地图探索与解谜要素，如双子岛的推石机关、彩虹岛的拼图机制等。火焰山和无人发电厂的环境氛围也与栖息神兽属性高度契合。建议在挑战前保存进度，并确保队伍中有足够回复道具。部分神兽如急冻鸟和闪电鸟的栖息地存在迷宫结构，可提前查阅路线避免重复探索。
掌握神兽分布规律后，玩家可系统规划捕捉顺序。优先获取三圣鸟能有效提升中期队伍强度，而超梦、洛奇亚等后期神兽则适合作为通关后收集目标。注意不同神兽的刷新机制差异，如随机遭遇类需耐心刷怪，固定位置类则需完成前置条件。合理利用游戏内的冲浪、怪力等秘传技能是抵达神兽栖息地的关键。
