军团的运输系统是战略部署的核心环节，涉及资源调配、部队转移和战术协同。运输功能主要通过军团城市实现，成员需将普通城市改造为军团城市后，即可通过商业区向军团城市贡献资源，或在军需部中运输资源、补给品和军备至其他成员城市。拥有指挥官权限的成员可操作军团城市的高级军备，此类军备比普通城市生产的更具战斗力。运输过程中需注意敌方袭击风险，建议优先通过军团频道协调运输路线与时间。
运输方式分为陆海空三类，陆军部队通过行军短距离移动，速度较慢但适合占领建筑；海军需建造港口和舰艇，适合大批量远距离运输，但需配置护航舰队防范袭击；空军依赖运输机快速投送，仅非坦克类兵种可装载，需确保空军基地燃油充足。不同运输方式的选择需结合战场地形、敌方布防及资源储备情况。山地和水域无法空投，而铁路运输效率高于公路但易成为敌方重点打击目标。
建造道路或铁路可提升陆地运输效率，等级越高则容量和速度加成越显著。商业区支持跨城资源贸易与运输，但受天气和环境因素影响，如雨雪天气会降低公路运输速度。科技研发能解锁更高效的运输技术，例如提升舰队载重或缩短飞机装卸时间。补给品厂生产的食物、弹药和燃料是维持运输线运转的关键，需定期通过军需部调配至前线。
运输前应派遣侦察车或侦察机探查路线敌情，避免进入敌方炮塔射程。舰队运输需搭配防空舰和驱逐舰护航，陆军运输可在目的地周边建立防御工事。情报收集尤为重要，通过军团共享的敌方动态可预判伏击点。若运输中途遭袭，应立即撤回部队或请求盟友支援，损失过半则建议放弃任务。
军团运输的终极目标是服务整体战略。在百人规模的战场中，单兵作战效率有限，需通过军团频道统一指挥。例如集中资源快速建造火箭炮等高级军备，或协调多支运输队同步发动闪电战。运输策略需随战局动态调整，优先保障核心城市的资源供给，次要据点可暂时舍弃以保存实力。
